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Cette paroisse était rattachée à l'ancien archiprêtré de Saint Marcel de Villadeix dont la première mention date de l'année 1107. En 1123 et 1197, on la trouve citée sous le nom de Sanctus-Martinus-de-Combis.
L'église de Saint-Martin-des-Combes fut donnée par l'évêque de Périgueux en 1169 à l'abbaye de La Sauve-Majeure. Son abbé fera édifier en ce lieu le prieuré Sait-Jacques-de-Lavergne qui fut, dit-on, élevé dans les dépendances du château de même nom. En 1304, Bertrand de Goth, élu pape l'année suivante sous le nom de Clément V, de passage à Trémolat, y fait envoyer deux émissaires en visite pastorale. Le cartulaire de l'abbaye de La Sauve-Majeure mentionne l'existence d'une léproserie dans la paroisse; son emplacement reste indéterminé.
En 1365, la paroisse de Saint-Martin-des-Combes est mouvante de la châtellenie de Montclar et compte 36 feux (environ 180 habitants).
Un mémoire de 1687 sur les églises à réparer dans le diocèse de Périgueux nous fournit le constat suivant sur celle de cette paroisse : "l'on propose d'abandonner la nef de ladite églize, laquelle seroit fort difficile à réparer, et de bastir deux chapelles a costé d'une qui y est déjà affin de contenir tous les habitants. L'on se serviroit mesme de la charpante et des matériaux qui sont à la nef. Il y a peu de nouveaux convertis dans cette paroisse et tout ce qui est à faire est estimé quatre cens dix livres". La visite canonique de 1688 complète ces informations "Jean Lacroix, vicaire parpétuel. Boissonade, prieur. Custode d'estain. Ny a de sanctuaire. Une nef a deux ailes. Celle qui est à gauche, où repose le saint Sacrement, est voûtée, non pavée, ny vitrée; l'autre aile est une petite voûte qui menace ruine, toute descouverte. Sanctuaire a esté derrière le grand autel, mais est abattu. Ny a qu'une aube et une chasuble. Y a maison (presbytère) et une grange commode. Ordonné que l'église sera réparée, sanctuaire rétably; pour bans, justifieront de tiltres".
Au 18ème siècle, on entreprend la reconstruction de l'église avec les matériaux de l'ancien édifice. Il est à noter que le choeur et le porche d'entrée furent inversés lors de ces travaux. D'importants vestiges architecturaux d'époque romane y sont encore décelables.